The chloroplast genome assembly is not a circle structure

[xhx-1]

Hello, thank you very much for the software you have developed to help me in my studies. I used getorganelle assembly, changed k, R parameters and even used --reduce-reads-for-coverage, but it didn't loop. What should I do to solve this problem please?

[xhx-1]

files.zip

[huidejiandan]

你好，解决了吗，我也遇到这个问题了

[huidejiandan]

您好，非常感谢您开发的软件来帮助我的学习。我使用了 getorganelle assembly，更改了 k、R 参数，甚至使用了 --reduce-reads-for-coverage，但它没有循环。请问我该怎么办来解决这个问题？

你好解决了吗，我也遇到这个问题了

[xhx-1]

抱歉抱歉，这个问题没有解决

…

------------------ 原始邮件 ------------------ 发件人: "Kinggerm/GetOrganelle" ***@***.***>; 发送时间: 2025年1月4日(星期六) 晚上9:19 ***@***.***>; ***@***.******@***.***>; 主题: Re: [Kinggerm/GetOrganelle] The chloroplast genome assembly is not a circle structure (Issue #349) 您好，非常感谢您开发的软件来帮助我的学习。我使用了 getorganelle assembly，更改了 k、R 参数，甚至使用了 --reduce-reads-for-coverage，但它没有循环。请问我该怎么办来解决这个问题？ 你好解决了吗，我也遇到这个问题了 — Reply to this email directly, view it on GitHub, or unsubscribe. You are receiving this because you authored the thread.Message ID: ***@***.***>

[JianjunJin]

1. 发issue必须遵守模板，否则可能会被忽略或者被转移到Discussion，多次不遵守会被直接删帖；
2. 不成环不属于issue，请直接在Discussion求助；
3. 不成环的时候附带图形文件必须是assembly_graph.fastg.extend-*.fastg，而非embplant_pt.*.selected_graph.gfa