Skip to content

C14-Guinet_2025 #1719

New issue

Have a question about this project? Sign up for a free GitHub account to open an issue and contact its maintainers and the community.

Sign up for GitHub

By clicking “Sign up for GitHub”, you agree to our terms of service and privacy statement. We’ll occasionally send you account related emails.

Already on GitHub? Sign in to your account

Open
ZoePochon wants to merge 2 commits into
base: master
Choose a base branch
from
Open

C14-Guinet_2025 #1719

Changes from all commits
Commits
Show all changes
2 commits
Select commit Hold shift + click to select a range
7629bc3
Update ancientmetagenome-hostassociated_dates.tsv
ZoePochon Feb 6, 2026
a00c757
Merge branch 'master' into Guinet_2025
ZoePochon Feb 6, 2026
File filter

Filter by extension

Filter by extension
Conversations
Failed to load comments.
Loading
Jump to
Jump to file
Failed to load files.
Loading
Diff view
Diff view
19 changes: 19 additions & 0 deletions ancientmetagenome-hostassociated/dates/ancientmetagenome-hostassociated_dates.tsv
View file
Open in desktop
Original file line number Diff line number Diff line change
Expand Up @@ -27,6 +27,25 @@ Kimsis2023 2023 10.1111/1758-2229.13157 LZP40T Homo sapiens PRJEB56776 ERS135777
Appelt2014 2014 10.1128/AEM.03242-13 4.453 Homo sapiens PRJNA230469 SRS510175 TRUE FALSE 650-550 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA
Sabin2020 2020 10.1098/rstb.2019.0576 RGA001 Homo sapiens PRJNA640385 SRS7054141 TRUE TRUE 550-450 FALSE main text 2 10.1016/j.ijpp.2015.02.003 FALSE FALSE OxA 29344 AMS DNE DNE charcoal 584 24 -99999 -99999 -99999 -99999 TRUE IntCal13 OxCal 4.3.2 NR 10.1017/S0033822200033865 1304 1413 -99999 cal AD 95.4 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Sabin2020 2020 10.1098/rstb.2019.0576 MAM001 Homo sapiens PRJNA640385 SRS7054140 TRUE FALSE 594 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 M13 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099302 TRUE TRUE 11700-0 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR Ua 13370 NR NR NR tooth 7910 80 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L389 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099221 TRUE TRUE 11700-0 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR Ua 13364 NR NR NR tooth 4335 60 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK012 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099451 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Copy link
Copy Markdown
Contributor

@KaHea-21 KaHea-21 Feb 27, 2026

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Suggested change
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK012 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099451 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK012 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099451 TRUE FALSE 129000-11700 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA

Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK033 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099082 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Copy link
Copy Markdown
Contributor

@KaHea-21 KaHea-21 Feb 27, 2026

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Suggested change
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK033 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099082 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK033 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099082 TRUE FALSE 129000-11700 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA

Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 MD228 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099095 TRUE TRUE 774100–129000 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Copy link
Copy Markdown
Contributor

@KaHea-21 KaHea-21 Feb 27, 2026

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Suggested change
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 MD228 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099095 TRUE TRUE 774100–129000 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 MD228 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099095 TRUE FALSE 774100–129000 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA

Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L414 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099283 TRUE TRUE 11700-0 TRUE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 31525 NR NR NR tooth 7067 39 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L414 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099283 TRUE TRUE 11700-0 TRUE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR VERA 7813 NR NR NR tooth 7025 36 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L414 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099283 TRUE TRUE 11700-0 TRUE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 43684 NR NR NR tooth 7077 23 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L422 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099265 TRUE TRUE 11700-0 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 31412 NR NR NR tooth 6124 32 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L423 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099256 TRUE TRUE 11700-0 TRUE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 31413 NR NR NR tooth 5513 30 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L423 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099256 TRUE TRUE 11700-0 TRUE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR VERA 7809 NR NR NR tooth 5393 37 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L423 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099256 TRUE TRUE 11700-0 TRUE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 43680 NR NR NR tooth 5378 21 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L426 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099290 TRUE TRUE 11700-0 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 31416 NR NR NR tooth 7462 35 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 FK001 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099439 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR NR NR NR NR NR bone 33800 250 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 MD024 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099141 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 38760 NR NR NR bone 17627 77 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 MD213 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099090 TRUE TRUE 129000-11700 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 P033 Mammuthus sp. PRJEB78615 ERS21099510,ERS21099509 TRUE TRUE 1200000-800000 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Copy link
Copy Markdown
Contributor

@KaHea-21 KaHea-21 Feb 27, 2026

Choose a reason for hiding this comment

The reason will be displayed to describe this comment to others. Learn more.

Suggested change
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 P033 Mammuthus sp. PRJEB78615 ERS21099510,ERS21099509 TRUE TRUE 1200000-800000 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 FALSE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 P033 Mammuthus sp. PRJEB78615 ERS21099510,ERS21099509 TRUE FALSE 1200000-800000 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE NA NA NA NA NA

Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 L418 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099246 TRUE TRUE 11700-0 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR OxA 31525 NR NR NR tooth 5016 30 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Guinet2025 2025 10.1016/j.cell.2025.08.003 M40 Mammuthus primigenius PRJEB78615 ERS21099215 TRUE TRUE 11700-0 FALSE supplement table 1 10.1016/j.cell.2025.08.003 TRUE NR Ua 13369 NR NR NR tooth 4085 65 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE NR NR NR NR NR -99999 -99999 -99999 -99999 -99999 FALSE DNE DNE NA NA NA NA
Kazarina2021 2021 10.3390/genes12020309 ZA_10C Homo sapiens PRJEB40382 ERS5073264 TRUE FALSE 450-250 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA
Kazarina2021 2021 10.3390/genes12020309 ZA_11C Homo sapiens PRJEB40382 ERS5073265 TRUE FALSE 350-250 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA
Kazarina2021 2021 10.3390/genes12020309 ZA_12C Homo sapiens PRJEB40382 ERS5073266 TRUE FALSE 350-250 DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE DNE unknown NA NA NA NA NA NA DNE DNE DNE DNE DNE DNE NA NA NA DNE NA DNE DNE DNE NA NA NA NA
Expand Down
⚡