Ενδεικτικό σειριακό πρόγραμμα για το φιλτράρισμα αρχείου FASTQ
Το πρόγραμμα δέχεται σαν είσοδο ένα αρχείο FASTQ και παράγει ένα νέο φιλτραρισμένο αρχείο. ΠΡΟΣΟΧΗ! Στην παρούσα μορφή, από το αρχείο εισόδου, διαβάζει την πρώτη μόνο εγγραφή (τις 4 πρώτες γραμμές) και όχι ολόκληρο το αρχείο. Ένα παράδειγμα εκτέλεσης είναι:
./filter_fastq