Deseq pathway species#104
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WackerO merged 16 commits intoqbic-pipelines:devfrom Feb 17, 2022
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Conversation
Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: bin/DESeq2.R geändert: conf/test.config geändert: nextflow.config geändert: workflows/rnadeseq.nf -->added parameter --skip_pathway_analysis; DESeq2.R needs to be rolled back before pushing!
Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: assets/RNAseq_report.Rmd geändert: bin/DESeq2.R geändert: conf/test.config geändert: modules/local/report.nf geändert: workflows/rnadeseq.nf -->started with the optional PA and making species optional; Susi's fix in threshold is also included in DESeq2.R
Merging deseq_previous_code into deseq_pathway_species to apply the most current DSL2 porting changes to side branch
Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: assets/RNAseq_report.Rmd geändert: bin/Execute_report.R geändert: modules/local/report.nf -->trying to make the pathway analysis skippable
Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: bin/Execute_report.R geändert: conf/test.config geändert: modules/local/report.nf -->PA is skippable!
Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: assets/RNAseq_report.Rmd geändert: conf/test.config -->trying to fix missing "enriched pathways" subheader
Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: .github/workflows/ci.yml geändert: assets/RNAseq_report.Rmd geändert: bin/DESeq2.R neue Datei: conf/test_no_pathway_analysis.config geändert: nextflow.config -->fixed report issues, added conf file for testing the pipeline with skipped pathway analysis
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: CHANGELOG.md
neue Datei: conf/test_skip_pathway_analysis.config Änderungen, die nicht zum Commit vorgemerkt sind: gelöscht: conf/test_no_pathway_analysis.config -->renamed file
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: bin/DESeq2.R geändert: modules/local/report.nf geändert: nextflow_schema.json
Ihr Branch ist 1 Commit vor 'origin/deseq_pathway_species'. (benutzen Sie "git push", um lokale Commits zu publizieren) Zum Commit vorgemerkte Änderungen: gelöscht: conf/test_no_pathway_analysis.config
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: .github/workflows/ci.yml geändert: nextflow.config
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: assets/RNAseq_report.Rmd -->fixed linting error with whitespace
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: assets/RNAseq_report.Rmd gelöscht: assets/report_options.yml -->removed assets/report_options.yml and the KEGG option from assets/RNAseq_report.Rmd; only --skip_pathway_analysis is now used
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: assets/RNAseq_report.Rmd geändert: bin/Execute_report.R geändert: modules/local/report.nf geändert: workflows/rnadeseq.nf
Ihr Branch ist auf demselben Stand wie 'origin/deseq_pathway_species'. Zum Commit vorgemerkte Änderungen: geändert: CHANGELOG.md
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Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.This suggestion is invalid because no changes were made to the code.Suggestions cannot be applied while the pull request is closed.Suggestions cannot be applied while viewing a subset of changes.Only one suggestion per line can be applied in a batch.Add this suggestion to a batch that can be applied as a single commit.Applying suggestions on deleted lines is not supported.You must change the existing code in this line in order to create a valid suggestion.Outdated suggestions cannot be applied.This suggestion has been applied or marked resolved.Suggestions cannot be applied from pending reviews.Suggestions cannot be applied on multi-line comments.Suggestions cannot be applied while the pull request is queued to merge.Suggestion cannot be applied right now. Please check back later.
Many thanks to contributing to qbic-pipelines!
This PR closes issues #71 and #102 and possibly also #91 by making pathway analysis optional (just set
skip_pathway_analysis = true). If skipped, no error will be thrown when omitting thespeciesparameter.PR checklist
nextflow run . -profile test_skip_pathway_analysis,docker).docsis updatedCHANGELOG.mdis updatedREADME.mdis updated